Родился 6 ноября 1937 года в г. Киселевск Кемеровской области
Окончил Новосибирский инженерно-строительный институт им. В.В.Куйбышева, специальность по образованию инженер-строитель и Академию общественных наук при ЦК КПСС.
В 1987 году награжден Оpденом Ленина. Имеет орден "Знак Почета".
Имеет звание генерал-лейтенанта милиции.
Написал автобиографические книги "Освобождение от иллюзий" (взгляд министра внутренних дел СССР на события 1989-1990 годов) и "Избавление от КГБ" (1992 год), повествующую о его деятельности в период путча и на посту руководителя органов безопасности страны.
Вице-президент фонда "Реформа" . Бывший руководитель Межреспубликанской службы безопасности.
В 1960 году окончил Новосибирский инженерно- строительный институт.
1960-1961 гг. - мастеp,
1961-1962 гг. - прораб,
1962- 1963 гг. - начальник участка стpоительного упpавления N1 тpеста "Кемеpовохимстpой".
1963-1969 гг. - главный инженер стpоительного упpавления N3 тpеста "Кемеpовохимстpой".,
1969- 1971 гг. - начальник строительного управления N4 тpеста "Кемеpовохимстpой".
1971- 1973 гг. - главный инженер домостоительного комбината в г. Кемерово.
В 1964 году вступил в КПСС.
1973-1975 гг. - второй секретарь Кемеpовского гоpкома КПСС.
1975-1977 гг. - заведующий стpоительным отделом Кемеpовского обкома КПСС.
1977-1983 гг. - секретарь Кемеpовского обкома КПСС.
1983-1985 гг. - инструктор ЦК КПСС.
В 1985 году окончил Академию общественных наук при ЦК КПСС и был направлен на должность первого секретаря Кировского обкома КПСС,
с 1986 года - член ЦК КПСС и депутат Верховного Совета (ВС) СССР,
с 1987 года - первый секретарь Кемеровского обкома КПСС.
В 1988 году был переведен в Москву на должность министра внутренних дел СССР.
С марта 1990 года стал членом Президентского совета СССР. Начал проводить серию реформ в Министерстве внутренних дел СССР.
Делегат XIX конференции КПСС (1988 год). В КПСС считался близким к реформаторскому направлению, разделяя в целом позиции Горбачева .
В марте 1990 года отказался от выдвижения своей кандидатуры депутатской группой "Союз" на пост Президента СССР в качестве альтернативы Горбачеву.
В 1990 году был смещен с должности министра внутренних дел СССР из-за недовольства группы "Союз" его линией на придание большей самостоятельности республиканским министерствам внутренних дел.
В марте 1991 года был утвержден членом Совета безопасности при Президенте СССР, где занимался вопросами внутреннней политики.
В июне 1991 года участвовал в качестве кандидата в выборах Президента РСФСР (в паре с кандидатом в вице-президенты Рамазаном Абдулатиповым ). Его кандидатура была выдвинута, в основном, трудовыми коллективами Кировской области. До этого Бакатин отказался от предложения Ельцина баллотироваться в паре с ним в качестве кандидата в вице-президенты. В предвыборной программе выступал за сохранение СССР, рассматривая Россию как "главный союзообразующий компонент государства", за переход к рынку, но без излишней поспешности. Занял среди кандидатов последнее место, получив около 3,5 процентов голосов.
Во время попытки государственного переворота в августе 1991 года активно выступал против Государственного комитета по чрезвычайному положению и участвовал в поездке за Горбачевым в Форос.
После провала путча, 23 августа 1991 года, был назначен председателем КГБ СССР.
В октябре 1991 года после упразднения КГБ СССР возглавил созданную на его основе Межреспубликанскую службу безопасности (МСБ). Выступал за постепенную децентрализацию и реформирование органов безопасности. Как глава МСБ, передал американской стороне техническую документацию на бездействовавшее оборудование для прослушивания в недостроенном новом здании посольства США в Москве. Это вызвало широкую волну критики в национал-патриотической прессе и среди сотрудников МСБ, содержащую обвинения в "государственной измене".
Утверждал, что во время работы в органах безопасности пытался исходить из критериев нравственности, доверия и честности.
После указа Ельцина от 19 декабря 1991 года об образовании министерства безопасности и внутренних дел России (МБВД) была фактически упразднена МСБ.
23 декабря 1991 года состоялась беседа Бакатина с Ельциным, который сначала предложил ему перейти на дипломатическую работу, а после отказа - уйти в отпуск на две-три недели.
15 января 1992 года указом Ельцина был освобожден от обязанностей руководителя МСБ.
С марта 1992 года работает в Международном фонде экономических и социальных реформ ( фонд "Реформа" ) вместе со С.Шаталиным , Л.Абалкиным , Н.Петраковым . Руководит департаментом политических и межнациональных исследований фонда.
В июне 1991 года участвовал в качестве кандидата в выборах Президента РСФСР.